主人公の朋太子由寿（ほうだいしゆず）は、就職活動中に読んだヨーグルトを題材にした創作小説にハマり、“ブルガリア菌”の大ファンになる。そんな由寿を見た“吾輩”こと乳酸菌（ブルガリア菌20388株）はパッケージから飛び出し、彼女に取り憑いて行く末を見守ることに。就活と推し活に勤しむ由寿は、1年後に老舗食品メーカー・株式会社明和へ就職し、辞令により大阪で社会人としてのスタートを切る。そして仕事に邁進していると、まさかの人事異動で本社の広報部に。慣れない都会生活と仕事に苦戦しつつ、由寿は先輩社員とともに明和ヨーグルト50周年特集の社内報の記事を担当することになり、関係社員へのインタビュー取材を行う。